قرآن در سورهٔ مائده، عقیدهٔ تثلیث را صریحاً نقد می‌کند:
«لَقَدْ كَفَرَ الَّذِينَ قَالُوا إِنَّ اللَهَ ثَالِثُ ثَلَاثَةٍ وَمَا مِنْ إِلَٰهٍ إِلَّا إِلَٰهٌ وَاحِدٌ»
در منطق قرآن، خداوند حقیقتی واحد و بی‌همتاست و نمی‌توان برای الوهیت، چند مبدأ یا چند اصل مستقل فرض کرد.
قرآن سپس دربارهٔ حضرت مسیح علیه‌السلام می‌فرماید:
«مَا الْمَسِيحُ ابْنُ مَرْيَمَ إِلَّا رَسُولٌ»
مسیح، رسول خداست؛ نه خود خدا و نه یکی از اقانیم مستقل الوهیت. قرآن برای رفع هرگونه تصور جسمانی و اسطوره‌ای، به نکته‌ای ساده اما روشن اشاره می‌کند:
«كَانَا يَأْكُلَانِ الطَّعَامَ»
مسیح و مادرش غذا می‌خوردند؛ یعنی در قلمرو نیازمندی و مخلوق‌بودن قرار داشتند. موجودی که نیازمند غذا، بدن، زمان و شرایط است، نمی‌تواند واجب‌الوجود و مبدأ مستقل عالم باشد.
در ادامه، قرآن اهل کتاب را از غلو در دین برحذر می‌دارد و هشدار می‌دهد که پیروی از افکار و هواهای نفسانی می‌تواند انسان را از مسیر مستقیم دور کند.
مشکل اصلی تثلیث آن است که برای غیر خدا سهمی در الوهیت، وجود یا تدبیر عالم قائل می‌شود؛ درحالی‌که توحید قرآنی، همهٔ مراتب وجود و آثار وجود را به خداوند بازمی‌گرداند.