در عرفان عملی، «فکر» فقط جمع‌آوری اطلاعات یا سرگرم شدن ذهن با پرسش‌های گوناگون نیست.
فکر چنین تعریف شده است: توجه دادن قلب به نشانه‌های آفاقی و انفسی و تأمل در آفرینش و حرکت موجودات.
بر این اساس، انسان تنها به ظاهر اشیا نگاه نمی‌کند؛ بلکه می‌کوشد نسبت آن‌ها را با خداوند، جریان علم و قدرت الهی در عالم، و نیازمندی همه موجودات به مبدأ هستی درک کند.
فکر گونه‌های مختلفی دارد:
اندیشیدن در نشانه‌های جهان و ارتباط موجودات با خداوند؛توجه به حقیقت نفس انسان؛تفکر در فراگیری توحید در عالم؛اندیشیدن به فقر و نیاز دائمی انسان به پروردگار؛توجه به مرگ و انتقال انسان به عالم آخرت؛اندیشیدن به ارتباط موجودات با خداوند از طریق ولایت.
بنابراین هر نوع فکری برای هر مرحله و هر شخص مناسب نیست.موضوع تفکر، با درجه سلوک و شرایط فرد ارتباط دارد.
فکر و نفی خواطر نیز از یکدیگر جدا نیستند. از یک سو، دلِ پراکنده توان اندیشیدن عمیق ندارد؛ و از سوی دیگر، فکر صحیح می‌تواند ذهن را از پراکندگی‌های بی‌ثمر بیرون آورد و به سوی معنا جهت دهد.
پس تفکر عرفانی، حرکت ذهن در میان انبوه پرسش‌ها نیست؛ حرکت قلب از ظاهر به باطن و از کثرت به جهت واحد است.